ピラーの内装カバー(上部と下部に分かれている)を外してみました。
固定位置が悪いのかとも思いましたが、固定位置を決めるピンは青いピンが一つだけです。

あとはピラーの本体(鋼鉄)から、車両衝突時に乗員を保護するための「浮き」を作るためのヒダ状の薄い板が何カ所にもあるのですが、これらの内、3枚ほどの先端が折れています。

この「折れ」が、取り付け位置のずれを示しているのか、「誤差」の範囲で異音とは関係ないのかよく分かりません。
一旦この内装カバー上部を取り付け直してみました。下部カバーは外したままです。
走行をしてみると、ぴったりと異音が止みました。
下部カバーを取り付けて走行すると・・・また異音。でも異音は上部から聞こえるのです。
厳密にはウェザーストリップを付けない場合もテストしないと原因が分からないのですが、ウェザーストリップなしで走行する気にはなれないので、テストできていません。
一時よりは、大きさは小さくなったものの、相変わらずギシギシとした音が出ます。ディーラーに対応を頼むか、さらに自分で対策をしてみるのか・・・。
-----
追記(2017/10/08)
解決しました。→Bピラーから異音(2)〜危うく・・・