最初は、極端に横長の映像が出来てしまいましたが、試行錯誤する内にうまくいきました。
ポイントは、「Keep Aspect Ratio」のチェックを外すことでした。「Anamorphic」の選択をするとこのチェックの設定がなくなってしまうので、「Anamorphic」は「none」にしておくのがいいようです。
サイズは、16:9＝426.6666667:240ですので、424/240と指定しました。（８で割り切れる数字）
いつも通り、出来上がったファイルをまずQuickTimeで再生します。
無事再生出来ました。縦横比も問題ありませんし、字幕も入っています。チャプターも取り込んでくれました。
そして無事iTunesへ、そしてiPodにも入りました。
なお、今回プレビュー用にVLCという動画の再生ソフトを入れました。Handbrakeご推奨のようで、当然問題なくプレビューを見せてくれます。
